Au fil de l’eau, la rivière reçoit les eaux pluviales plus ou moins chargées de la pollution de surface émanant des zones urbaines et rurales ; elle reçoit les effluents de plusieurs stations d’épuration ainsi que les rejets non traités de nombreux particuliers. Tous ces apports contribuent à dégrader à divers degrés la qualité de l’eau. Toutefois, sur la Haute Juine ainsi que sur ses principaux affluents, cette qualité reste globalement satisfaisante puisque la rivière continue d’abriter une population importante de truites. En aval d’Etampes, la qualité de l’eau, fortement altérée il y a quelques années, s’est considérablement améliorée depuis la mise en service des nouvelles stations d’épuration d’Etampes et d’Etréchy. Mais des progrès restent à accomplir sur tout le bassin versant. Pour ce faire, le Syndicat a décidé d’engager une étude en 2007 sur l’ensemble du bassin versant de la Juine afin de recenser, d’analyser et de définir les actions souhaitables et nécessaires à l’amélioration de la qualité de l’eau. Du fait de sa représentativité pour l’ensemble des communes qui jouxtent la rivière, le Syndicat a été désigné organisme porteur du Contrat de Bassin de la Juine issu de cette étude. Afin de suivre l’efficacité des actions préconisées dans ce Contrat, le Syndicat va mettre en place un réseau de stations de mesure au niveau desquelles seront effectuées des analyses de la qualité des eaux superficielles et du milieu aquatique.