Le SIARJA a été créé en 1959 pour assurer le bon et libre écoulement de l’eau dans le lit de la rivière. Il fédère l’ensemble des communes traversées par la Juine soit 23 communes. L’essentiel de l’activité du syndicat se concentre sur l’entretien de la végétation de la rivière ainsi que la manipulation des très nombreux ouvrages de régulation. Cette dernière est réalisée par les deux gardes rivières du syndicat. Depuis quelques années, des travaux d’aménagement sont entrepris sur la rivière et font appel à des capacités de maîtres d’œuvre menées par des prestataires extérieurs.
Les deux gardes assermentés du Syndicat assurent la surveillance du bon écoulement de l’eau dans la rivière. Ils effectuent chaque semaine au moins deux tournées de vannes pour réguler le débit d’amont en aval. Le réglage des vannes a pour but, de libérer en aval de chaque bief, le même volume d’eau que celui reçu du bief précédent situé en amont, volume auquel s’ajoute les apports supplémentaires propres au bief ( sources, affluents…) En cas de précipitations importantes ils interviennent chaque fois que nécessaire pour gérer l’écoulement grossi du flux et en particulier pour éviter les débordements sectoriels. En outre, ils effectuent chaque semaine, des tournées de berges afin de détecter les embâcles et les obstacles constitués le plus souvent par des arbres tombés dans la rivière. Ils rétablissent la libre circulation de l’eau soit par leurs propres moyens quand cela leur est possible soit en faisant appel à l’entreprise titulaire du marché de travaux d’entretien. Leur rôle de Garde est aussi de faire respecter, auprès des riverains et de tout autre personne approchant la rivière, les règles de bonne conduite à l’égard de celle-ci. Ils se doivent de signaler toute infraction à leur hiérarchie pour suite à donner. Ils sont en relation étroite avec la Police de l’Eau et le Conseil Supérieur de la Pêche.
Au fil de l’eau, la rivière reçoit les eaux pluviales plus ou moins chargées de la pollution de surface émanant des zones urbaines et rurales ; elle reçoit les effluents de plusieurs stations d’épuration ainsi que les rejets non traités de nombreux particuliers. Tous ces apports contribuent à dégrader la qualité de l’eau. Le Syndicat a donc décidé d’engager une étude sur l’ensemble du bassin versant de la Juine afin de recenser, d’analyser et de définir les actions souhaitables et nécessaires à l’amélioration de la qualité de l’eau. Du fait de sa représentativité pour l’ensemble des communes qui jouxtent la rivière, le SIARJA a été désigné porteur de l’étude qui doit définir un contrat de bassin.