Le peuplement de la Juine est dominé par les cyprinidés (Barbeaux, Carpes, Chevaines, Goujons…), les Brochets, les Perches et la Truite. La Juine abrite aussi de nombreux groupes d’invertébrés, ainsi que des mollusques (Planorbes, Limnées…), des vers et des crustacés (Gammares, Ecrevisses…). Les Gastéropodes (Escargots…), essentiellement végétariens vivent surtout dans les herbiers. D’autres groupes sont principalement inféodés au fond et aux sédiments fins.
Citons également les insectes aquatiques et les larves dont le mode de vie est extrêmement varié. Certains insectes passent toute leur vie au contact de l’eau tandis que d’autres sont aquatiques à l’état larvaire et terrestre à l’état adulte comme les Libellules.
Les reptiles et les amphibiens avec comme principales espèces, la Couleuvre à collier, les Grenouilles agiles et vertes ainsi que les Crapauds communs, trouvent dans la rivière et dans les zones humides proches des conditions de développement favorables. La Juine est également fréquentée par des mammifères qui utilisent ses rives pour s’y abriter comme le Rat musqué, le Ragondin, la Musaraigne aquatique et le Campagnol amphibie. Le Rat musqué et le Ragondin sont des espèces exotiques et invasives qui proviennent d’Amérique. En dehors de la faune qui est strictement dépendante de l’eau pour son habitat et sa reproduction, d’autres animaux en grand nombre ont leur vie intimement liée à la rivière comme le Martin pêcheur, le Canard colvert, les poules d’eau, les Chauves-souris et les Hérons.
La végétation aquatique est le premier maillon du réseau qui est relatif à la nutrition humaine ou animale (réseau trophique). A ce titre, elle a un rôle important dans le cycle de la matière organique. Elle constitue un milieu très favorable au développement des macro invertébrés et des poissons en offrant un lieu d’habitat et de ponte. Par contre, la prolifération excessive de certains groupes, comme les algues filamenteuses, constitue un obstacle important à la vie animale et au bon écoulement de l’eau. Il est important de signaler la présence d’espèces végétales exotiques qui ont été introduites dans le milieu naturel et qui aujourd’hui le colonisent au détriment de la flore autochtone. Il s’agit essentiellement de l’Allante et de la Renouée du Japon dont la capacité à coloniser l’espace est tellement démesurée qu’elle aboutit inexorablement à un appauvrissement de la biodiversité locale et par conséquent à l’amoindrissement de notre patrimoine naturel. De plus, ces espèces sont de nature à perturber l’activité humaine. Elles peuvent peser sur la santé publique en provoquant des allergies. Elles peuvent aussi, par leur toxicité, altérer la qualité de l’eau, influer sur la pêche, perturber l’irrigation. Il est donc essentiel de ne pas les introduire ces plantes dans les milieux naturels (rives, jardins, propriétés privées…).
En fonction des conditions écologiques, la Juine recèle un grand nombre d’espèces végétales tout au long de son cours. On trouve des végétaux aquatiques complètement immergés tels les myriophylles, les callitriches, les potamots. On trouve aussi des végétaux hélophytes qui sont fixés au fond de la rivière ou sur les rives avec des tiges et des feuilles émergées tels les joncs et les roseaux.
La culture du cresson apparut en Essonne en 1856 et à Méréville en 1894. Avec ses 35 ha de culture, le département de l’Essonne est aujourd’hui classé 1er producteur de cresson de France et la commune de Méréville avec ses 10 ha est depuis 1963 surnommée capitale du cresson. Le cresson est un aliment riche en chlorophyle, fer, vitamine C, calcium, magnésium etc…Il possède de très intéressantes propriétés médicinales. En gastronomie, on le consomme cru, cuit, ou en potage. Il existe même du vin de cresson. Méréville grâce à ses cressonnières a été consacré “Site Remarquable du Goût” en 1995.
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La culture du cresson occupe une part importante dans la partie haute de la Juine ainsi que dans la partie haute de ses affluents. La découverte de la vallée de la Juine peut se faire à pied (prolongement du GR 111). De là il est possible de rejoindre le Moulin de Glaires, la Villa Paul, les Hameaux de Courcelles et de la Pierre, ainsi qu'Autruy-sur-Juine. La vallée de la Juine est inscrite à l'inventaire des sites pittoresques
Le cresson est une plante de la famille des crucifères qui, à l’état sauvage, est connue depuis la haute antiquité. On sait qu’au moyen âge le roi Saint-Louis en était friand. Le cresson cultivé a été importé d’Allemagne par M. CARDON, intendant militaire des armées Napoléoniennes, qui vit un jour près d’Erfurt en Thuringe des cressonnières dont les feuilles vertes contrastaient avec le blanc de la neige de l’hiver 1809-1810.
